Meester Spion vertelt het verhaal van de 10-jarige Tim die samen met zijn ouders en zusje naar een hotel aan de kust verhuist. In het begin voelt Tim zich niet helemaal thuis, tot hij Simon ontmoet. Simon is net ontwaakt uit het jaar 1973 en moet erg wennen aan de nieuwe tijd. Daarnaast moet hij als oud-spion nog een oude misdaadzaak oplossen.
De heimwee naar zijn oude vriendjes speelt hem elke dag parten. Als ook de eerste kennismaking met zijn nieuwe klasgenoten door toedoen van de juf ook niet bepaald soepel verloopt, is de normaal zo goed gemutste Tim veel van zijn blijmoedigheid verloren. Maar dan ontdekt hij, op de vlucht voor de pestkoppen uit zijn klas, een onvervalste spionnenkelder.
Veertig jaar eerder diende de kelder als schuilplaats voor het spionnenduo Simon en Lexie. Hun missie was om een verrader binnen de geheime dienst op te sporen. Als het de moedige Simon lukt de verrader te ontmaskeren, wordt hij echter door een gifpijl getroffen. Net voordat hij de identiteit van de verrader aan zijn partner Lexie wil openbaren, valt hij door het gif in coma. Omdat ze geen tegengif voorhanden heeft, zit er voor Lexie niets anders op dan het verdoofde lichaam van Simon in te vriezen. De bevroren spion wordt tegen gevaar verstopt in hun schuilkelder. Daar blijft de geheim agent onaangeroerd liggen, totdat hij veertig jaar later door Tim gevonden wordt.
