Het hartverwarmende Boychoir vertelt het verhaal van de elfjarige Stett (Garret Wareing), die zijn alleenstaande moeder verliest na een fataal auto-ongeluk. Zijn vader, die totaal van hem vervreemd is, blijkt genoeg te hebben aan zijn gezin en Stett blijft emotioneel beschadigd en kwaad achter.
De directrice van zijn school (Kathy Bates) besluit Stett naar een internaat voor muzikale jongens in New Jersey te sturen. Hier ontmoet hij de gedreven koormeester Carvelle (Dustin Hoffman), een man van weinig en vooral scherpe woorden. Carvelle ontdekt een uniek talent in Stett en besluit hem onder zijn hoede te nemen. Hij helpt de jongen bij het ontdekken en ontwikkelen van zijn liefde en aanleg voor muziek, waardoor Stett uitgroeit tot een veelbelovend talent.
De zangscènes in Boychoir- er wordt gewerkt met echte koorjongens – overtuigen. De engelachtige sopraanstemmen zijn voor de meeste jongens echter slechts kort beschikbaar: zodra ze de baard in de keel krijgen is het voorbij. Bij een koor dat de wereld over reist om op te treden is het dus zaak om in heel korte tijd al het potentieel uit een stem te halen. Dat komt neer op gruwelijk hard en veel oefenen.