Het verhaal speelt zich af na de Tweede Wereldoorlog. De Duitse procureur-generaal Fritz Bauer is betrokken bij de opsporingsactie naar nazi-kopstuk Adolf Eichmann. In zijn moedige strijd voor de waarheid en rechtvaardigheid ziet Bauer zich genoodzaakt de Israëlische geheime dienst, Mossad, in te schakelen. Een daad waarmee hij landverraad pleegt. Uiteindelijk wordt Eichmann in 1960 gearresteerd en berecht.
Het Eichmannproces was de aanloop naar de Auschwitzprocessen waar oorlogsmisdadigers uit concentratiekamp Auschwitz in Duitsland zelf werden berecht. Het naoorlogse Duitsland wilde de oorlog zo snel mogelijk vergeten en richtte zich op de toekomst. Fritz Bauer vond echter dat men de duistere geschiedenis onder ogen moest zien voor een betere toekomst. Hij werd hierbij vanuit hogere kringen tegengewerkt, zelfs zijn homoseksualiteit werd hierbij ingezet.
Bauer heeft ontegenzeggelijk bijgedragen aan de hervorming van het stafrecht waardoor het mogelijk werd dat een land zelf haar oorlogsmisdadigers kon vervolgen voor hun misdaden. Duitsland was het eerste land waar dit mogelijk was. Uiteindelijk werden ongeveer duizend van de zevenduizend nazi’s die in Auschwitz werkten, opgespoord en aangeklaagd.
Der Staat gegen Fritz Bauer van regisseur Lars Kraume won de publieksprijs op het Internationale Filmfestival van Locarno. Burghart Klausner ontving de Bayerische Filmpreis voor zijn uitmuntende rol als Fritz Bauer.