De 11-jarige Leo uit New York is een Phantom-boy. Hij kan onzichtbaar worden en door muren vliegen. Leo raakt bevriend met Alex, een politieagent in een rolstoel die verwond werd door een mysterieuze bandiet die de stad bedreigt met een gevaarlijk computervirus. Samen vormen ze een buitengewoon superduo, met Leo in de lucht en Alex op de grond.
Ze ontfermen zich over Marie, een moedige journaliste die op zoek gaat naar de schurk, en op wie Alex een oogje heeft. Wanneer Marie in de handen van de gangster valt, moet het duo al zijn krachten bovenhalen om haar terug te vinden en New York van de ondergang te redden. Daarvoor hebben ze slechts 24 uur de tijd.
Phantom Boy is een spannende animatiefilm van de makers van A Cat in Paris, een animatiefilm die in 2010 werd genomineerd voor een Oscar. In de Nederlandse versie van Phantom Boy worden de stemmen ingesproken door ondermeer Frank Lammers.
