In The Kids are All Right zijn Nic en Jules zijn een gelukkig lesbisch stel met hun twee kinderen Joni en Laser. Wanneer Joni achttien wordt, neemt ze contact op met haar biologische vader. Deze ontmoeting heeft niet alleen gevolgen voor de kinderen, maar ook voor Nic en Jules.
Nic is de moeder van Joni, Jules de moeder van Laser. Beide kinderen hebben dezelfde biologische vader, maar die is uit beeld. Joni besluit op aandringen van Laser op zoek te gaan naar hun vader, Paul. De enige rol die hij tot dusver in hun leven had, was die van zaaddonor. Hij is enigszins verrast door de toenadering van zijn kinderen, maar staat open voor een ontmoeting.
Paul blijkt een relaxte gast te zijn die een restaurant heeft en daarvoor zijn eigen biologische groenten kweekt. Wanneer Nic en Jules achter de geheime ontmoeting met Paul komen, eisen ze dat zij hem eerst zien. Zo infiltreert Paul in hun levens en zet daarmee alles op zijn kop.
In The Kids are All Right is er oog voor de onderlinge verhoudingen. Het gelukkige gezin is niet perfect, wat naarmate de film vordert duidelijk wordt. Nic is succesvol als arts, maar heeft dominante trekken en behandelt haar dochter nog als een klein kind. Jules heeft diverse pogingen gedaan om een eigen bedrijf te starten, wat steeds mislukt. Zij voelt zich niet gesteund door Nic, wat haar onzekerheid ten aanzien van haar nieuwe project als landschapsarchitect voedt. Van de twee moeders is Jules de meest relaxte, wat weer botst in de opvoeding. En de kinderen zijn op hun eigen manier bezig met de stap naar volwassenheid.
De komst van de eigenzinnige en relaxte Paul is van grote invloed op het gezin. Wanneer Paul en Jules een geheime affaire starten, lijkt het hek van de dam. Gelukkig weet regisseur Cholodenko een voorspelbaar drama te vermijden.
