Kitty is de denkbeeldige vriendin van Anne Frank aan wie zij haar dagboekbrieven schreef. Zij is op magische wijze tot leven gekomen in het Achterhuis in het hedendaagse Amsterdam. De opvliegende Kitty vraagt zich af waar Anne is, neemt het dagboek mee en gaat op onderzoek uit. Verbijsterd ontdekt ze dat Anne overal en nergens is. In het huidige Europa, dat worstelt met nieuwe uitdagingen, vindt Kitty een manier om de boodschap van Anne opnieuw betekenis te geven.
Het hartverwarmende Waar is Anne Frank brengt verleden en heden op geanimeerde wijze tot leven. Cineast Ari Folman maakte eerder de indrukwekkende film Waltz with Bashir.