Niet ver van de stad Timbuktu, die in handen is van religieuze fundamentalisten, leeft Kidane vredig in de woestijn met zijn vrouw Satima, zijn dochter Toya. In de stad lijden de mensen onder het terreurregime van de jihadisten, die vastbesloten zijn om iedereen de islamitische geloofsovertuiging op te leggen.
Muziek, gelach, sigaretten en zelfs voetbal zijn verboden. De vrouwen zijn een schaduw van zichzelf geworden, maar houden waardig stand. Iedere dag spreekt het geïmproviseerde tribunaal absurde en tragische veroordelingen uit. Kidane en zijn familie zijn gespaard gebleven voor de chaos in Timbuktu. Maar hun lot verandert wanneer Kidane per ongeluk Amadou doodt, een visser. Kidane is nu onderworpen aan de nieuwe wetten van de jihadistische bezetters.
Timbuktu werd genomineerd voor de Oscar Beste Buitenlandse Film en voor een Gouden Palm. Daarnaast won Timbuktu vele prijzen, waaronder zeven Césars.